Bij acuut ontstane diarree wordt de ontlasting onderzocht m.b.v. een microscoop. Hierbij kijkt men naar de aanwezigheid van parasieten. De kans op een parasitaire infectie is het grootst in (sub)tropische landen, maar in Nederland is het ook mogelijk.
Microscopisch onderzoek op de aanwezigheid van ziekmakende bacteriën heeft geen zin omdat ze niet te onderscheiden zijn van de normaal aanwezige bacteriën in de darmflora.
